《中国分子心脏病学杂志》自创刊以来,期刊质量不断提高,先后被中国科学技术信息研究所万方数据库、中国学术期刊全文数据库(CNKI)、重庆维普资讯数据库等收录。2006年起被万方数据库的《中国科技核心期刊数据库》收录。